W 1993 roku nad Dolną Wisłą utworzony został Zespół Nadwiślańskich Parków Krajobrazowych, w 1998 roku utworzono Chełmiński Park Krajobrazowy, oba te parki od 2004 r. noszą nazwę Zespołu Parków Krajobrazowych Chełmińskiego i Nadwiślańskiego. Ochroną objęta została prawo- i lewobrzeżna dolina Wisły od Bydgoszczy po Nowe. Szczególne walory przyrodnicze i krajobrazowe sprawiły, że teren ten w „Ogólnoeuropejskiej strategii ochrony różnorodności biologicznej i krajobrazowej” na lata 1996-2000, w kategorii cieków wodnych uznany został za jeden z 10 najcenniejszych obiektów w Europie. Dotychczas stwierdzono tu ponad 1tys. gatunków roślin naczyniowych, w tym wiele rzadkich, ginących oraz ponad 1100 gatunków chrząszczy (dwukrotnie więcej niż na terenie całych Borów Tucholskich), co najlepiej świadczy o dużej mozaikowatości siedlisk.
Walory przyrodniczo-krajobrazowe Parku wzbogacają obiekty kulturowe: liczne grodziska wczesnośredniowieczne w miejscowościach: Unisław, Płutowo, Kałdus, Wabcz, Gzin, Zamczysko, Strzelce Dolne, Topolno, Gruczno, Sartowice, Bzowo, założenia pałacowe z parkami (Ostromecko, Rulewo, Sartowice, Grubno), założenia dworsko-parkowe (Płutowo, Szymborno, Wielkie Łunawy), zabudowania olęderskie najliczniej występujące na Nizinie Sartowicko-Nowskiej, gdzie wsie mają układ rzędówek bagiennych, oraz cmentarze mennonickie m.in. w Trylu, Mątawach, Podwiesku, Wielkich Łunawach, -założenia staromiejskie Świecia, Nowego oraz Chełmna zwanego „Krakowem Północy”, będącego perłą zasobów kulturowych Parku. Dużą osobliwością są pozostałości dawnych sadów przydomowych zlokalizowanych na skarpie doliny. W 1996 roku rozpoczęto tworzenie kolekcji jabłoni mającej na celu zabezpieczenie przede wszystkim tych starych odmian, których liczebność wówczas oszacowano tu na kilka egzemplarzy. Obecnie w kolekcji znajduje się ponad 100 odmian jabłoni oraz ponad 30 odmian gruszy. Uznane rezerwaty przyrody:
- Ostnicowe Parowy Gruczna (24 ha, gmina Świecie) – dobrze zachowane fragmenty muraw kserotermicznych z ostnicą Jana (Stipa Joannis),
- Wiosło Duże (fragment 7,2 ha, gmina Nowe) – naturalne zespoły leśne z rzadkimi roślinami leśnostepowymi,
- Jezioro Fletnowskie (25 ha, gmina Dragacz) – unikatowa pod względem geomorfologicznym rynna jeziora polodowcowego,
- Śnieżynka (3 ha, gmina Świecie) – malowniczy parów śródpolny, w którym rośnie około 130 gatunków roślin naczyniowych,
- Grabowiec (27 ha, gmina Świecie) – dobrze zachowany grąd zboczowy,
- Wielka Kępa Ostromecka (28 ha, gmina Dąbrowa Chełmińska) – dobrze zachowany fragment lasu łęgowego,
- Las Mariański (32 ha, gmina Dąbrowa Chełmińska) – grąd zboczowy z licznie występującymi źródliskami,
- Reptowo (4 ha, gmina Dąbrowa Chełmińska) – czapliniec,
- Linje (12 ha, gmina Dąbrowa Chełmińska) – śródleśne torfowisko, którego część (6 ha) to rezerwat ścisły, z jedynym na Niżu Polskim stanowiskiem brzozy karłowatej (Betula nana),
- Płutowo (18 ha, gmina Kijewo Królewskie) – chroni rzadko występujący grąd subkontynentalny, porastający głęboki parów,
- Zbocza Płutowskie (34,5 ha, gmina Chełmno i Kijewo Królewskie) – zespoły roślinności stepowej porastające strome zbocza,
- Góra św. Wawrzyńca (0,7 ha, gmina Chełmno) – stanowisko roślinności stepowej z ostnicą włosowatą (Stipa capillata) porastającą wał średniowiecznego grodziska,
- Ostrów Panieński (15 ha, gmina Chełmno) – unikatowy fragment lasu łęgowego,
- Łęgi na Ostrowiu Panieńskim (34,5 ha, gmina Chełmno) – chroni łęg wiązowo-jesionowo-dębowy.
